La Secretaría General es un organismo de trabajo del COSENA, de nivel superior, de carácter permanente, dependiente de la Presidencia de la República. Es responsable de: facilitar el funcionamiento y asesorar al Consejo de Seguridad Nacional en la formulación de las políticas orientadas a  enfrentar los conflictos internos y las amenazas externas, que atenten a la seguridad del Estado; elaborar el Concepto Estratégico Nacional; tramitar y hacer el seguimiento de  las decisiones del Presidente de la República en materia de seguridad nacional; elaborar Planes y Directivas Nacionales de Seguridad Interna y Externa; y, coordinar de forma permanente las actividades específicas de todos los organismos que conforman el Sistema de Seguridad Nacional.